Der Wortlaut des Schenkungsbriefes lässt vermuten, schreibt Schmidt, dass es kurz nach der Eroberung der Festung und bis zum endgültigen Abtransport aus Würzburg bereits zu unkontrollierten Plünderungen aus der Kriegsbeute gekommen war.

Trotz aller „Obacht“ kam in Uppsala auch von der bereits dezimierten Echter-Bibliothek nicht alles an. Ein Teil gelangte auf verschlungenen und bis heute nicht restlos geklärten Wegen zum Beispiel an den schwedischen Hof in die Sammlung von Königin Christine, sowie nach Cambridge in England, aber auch nach Schweinfurt. Nach den Wirren des Krieges und im Lauf der Jahrhunderte sind zudem einige Exemplare in Privatbesitz gewandert. Dazu gehört zum Beispiel eine außerordentliche Rarität: das einzige bekannte Buch aus der Renaissancezeit mit kreisrundem Einband.