Auch am Schottenanger in Würzburg gibt es ein Pfeifer-Denkmal. Es wurde 2001 an der Stelle der Hinrichtung des „Pfeiferhannes“ errichtet. Die unregelmäßig geformte, 3,5 Meter hohe Säule aus Rotsandstein wird von einem Bronzefries umschlossen. Dieses veranschaulicht in vier bildhaften Szenen die Geschichte des „Pfeiferhannes“. Gestaltet wurde das Denkmal von Heinrich Schreiber aus Kronach. Gestiftet hat es Klaus Zeitler, der ehemalige Oberbürgermeister der Stadt Würzburg.

In Niklashausen wurden als Reminiszenz an den „Pfeiferhannes“ ein Museum im ehemaligen Rathaus eröffnet und zwei Gedenktafeln für ihn angebracht. Seit dem Jahr 2014 gibt es dort auch den Pfeifer-Rundwanderweg, den der örtliche Geschichts- und Kulturverein „Der Pfeifer“ erarbeitet hat. Der Weg ist ungefähr fünf Kilometer lang. Start und Ziel des Rundwanderwegs ist der Parkplatz in Richtung Neubrunn. Der Weg führt über die Beghardenhöhle, den oberen Mühlbergweg, die neue Brücke zur Wanderhütte und das Böttigheimer Pfädle wieder in den Ort.