Im Februar 1525 kehrte er nach Mühlhausen als Pfarrer an der Marienkirche zurück und wirkte beim Sturz des Stadtrates mit. Als Zeichen des „Ewigen Bundes“ ließ er die Regenbogenfahne anfertigen, die auch in Würzburg von den aufständischen Bauern beim zweimaligen erfolglosen Sturm auf die Burg mitgeführt wurde. Um das Reich Gottes real umzusetzen, zog er am 15. Mai 1525 mit dem militärischen Aufgebot der Stadt Mühlhausen in die letzte Schlacht, predigte seiner Schar ihren unmittelbar bevorstehenden Sieg als Auserwählte und wurde nach der vernichtenden Niederlage vor den Toren der Stadt hingerichtet.

Der Gelehrte: Andreas Bodenstein

Andreas Bodenstein, auch Karlstadt genannt, Doktor der Theologie, Priester und Doktorvater Luthers, war anfangs einer seiner eifrigsten Mitstreiter, dann auch dessen großer Rivale.