Noch vor ihm veröffentlichte er in Wittenberg seine Thesen, die teilweise von Luther übernommen wurden. Mit Flugschriften fachte er die neue evangelische Lehre an und verbreitete sie. Das Fegefeuer lehnte er jedoch ebenso wie Luthers Abendmahllehre ab. Aufgrund seiner radikalen Predigten und seines Aufrufs zum Bildersturm geriet er in Konflikt zu den sächsisch-kurfürstlichen Räten.

Luther zeigte Bodenstein beim Kurfürsten an, so dass er aus Sachsen ausgewiesen wurde. Über Rothenburg ob der Tauber setzte er sich 1525 nach der Niederlage der Bauern als Wanderprediger nach Basel ab, wo er als Universitätsprofessor lehren konnte. Er verstarb 1541 an der Pest. In seiner Heimatstadt Karlstadt hat er in der Andreaskirche auf der von Tilman Riemenschneider geschaffenen, bis heute erhaltenen steinernen Kanzel reformatorisch gepredigt.