Ab Mai 1982 ist Bötsch Parlamentarischer Geschäftsführer der CDU/CSU-Bundestagsfraktion und somit einer der engsten Mitarbeiter der bayerischen Landesgruppenchefs Friedrich Zimmermann und Theo Waigel. Kurz darauf stellt die Union mit Helmut Kohl nach länger Zeit wieder den Bundeskanzler. CSU-Patriarch Franz Josef Strauß, der es selbst nicht ins Kanzleramt schaffte, schaut mit Argusaugen von München aus auf die Seinen in Bonn. „Harmonieterror“ wirft er ihnen regelmäßig vor. Kein leichter Spagat zwischen den Loyalitäten, doch Waigel und Bötsch gelingt er. So ist es wenig verwunderlich, dass der Würzburger Abgeordnete im April 1989 nach Waigels Wechsel ins Finanzministerium den Vorsitz der CSU-Landesgruppe übernimmt.
An vorderster Front bei der Wiedervereinigung
Wolfgang Bötsch arbeitet im Zentrum der Macht, als am 9. November 1989 plötzlich in Berlin die Mauer fällt. „Ich war an diesem Tag im Rheingau unterwegs“, als Rudolf Seiters, der Kanzleramtsminister, angerufen habe. „Du musst sofort nach Bonn, in Ostberlin ist irgendwas in Bewegung“ habe es geheißen. Noch am Abend singt Bötsch im Bundestag die Nationalhymne.