Am 1. August 2009 richtete das Bayerische Kultusministerium den fünfjährigen „Modellversuch islamischer Unterricht“ in deutscher Sprache ein. Dem Lehrplan für die Grund- und Mittelschulen zufolge sollen neben religiösen Inhalten auch die Werte der Verfassungsordnung eingebunden werden. 2015 wurde der Versuch um fünf Jahre verlängert und erweitert. Auch in Realschulen und Gymnasien kann nun Islam unterrichtet werden. Wie viele Schüler am Islamunterricht teilnehmen, wird laut Ministerium nicht erhoben.

In Würzburg gibt es nach Angaben der Regierung von Unterfranken an der Mittelschule Zellerau sowie an der Mönchberg-Mittelschule Islamischen Unterricht. Außerdem wird an der Gustav-Walle-, der Walther-, der Leonhard-Frank-, der Mönchberg- und der Adalbert-Stifter-Grundschule Islam unterrichtet. Im Landkreis bieten die Grundschulen in Rottendorf, Estenfeld, Waldbüttelbrunn und Helmstadt sowie die Mittelschulen in Gaukönigshofen und Waldbüttelbrunn, Islamunterricht an.