Kurz darauf kam es jedoch zu einem weit größeren und folgenschwereren Eklat – dem sogenannten „Fall Hodler“. Auslöser war ein Artikel, der am 29. September 1914 in der Zeitung Tribune de Geneve erschienen war. Hier hatten 126 Schweizer Gelehrte und Künstler einen Protest gegen die Bombardierung von Reims durch die Deutschen unterzeichnet – auch Ferdinand Hodler.

Es folgte ein Aufschrei aus Deutschland, insbesondere aus Jena, wo der angesehene Zoologe Ernst Haeckel (1834–1919) in einem offenen Brief forderte, dass man Hodlers Wandbild „Auszug der deutschen Studenten in den Freiheitskrieg von 1813“ wegen dieses „lügenhaften Protestes“ und der klar erkennbaren „deutschfeindlichen Gesinnung“ aus der Universität entfernen und zugunsten des Roten Kreuzes verkaufen sollte. Hodler verteidigte sich in einem Telegramm: „Wenn ich den Genfer Protest unterzeichnet habe, war es meine Absicht, nicht gegen Deutschland, sondern einzig und allein gegen die Zerstörung eines Kunstwerkes zu protestieren. Ich würde dasselbe tun, wenn eine andere Macht in Deutschland ein Werk zerstören würde.“