Seine erfolgreichste Zeit hatte Cramer beim FC Bayern München, mit dem er zweimal den Europacup der Landesmeister (1975 und 1976) und 1976 auch den Weltpokal gewann. Die von ihm geführte Mannschaft um Beckenbauer, Sepp Maier, Uli Hoeneß und Gerd Müller prägte die Geschichte des FC Bayern entscheidend. «Napoleon» wurde er genannt, in entsprechender Montur posierte der nur 1,65 Meter große Cramer im Münchner Olympiastadion. Besonders eng war seine Beziehung zu Beckenbauer, denn «wenn der Franz und ich zusammen sind, dann senden und empfangen wir auf derselben Wellenlänge», erklärte Cramer einmal.

«Er war ein großartiger Trainer - und ist vor allem ein großartiger Mensch», sagte Karl-Heinz Rummenigge, Vorstandsvorsitzender des FC Bayern. «Für mich war er wie ein väterlicher Freund, er war der größte Förderer meiner jungen Profi-Karriere. Dass ich sehr erfolgreich Fußball gespielt habe, hatte ich zu großen Teilen ihm zu verdanken. Der FC Bayern trauert um einen großen Trainer und besonderen Menschen.»