Nach dem Zusammenbruch der Sowjetunion 1991 wurde Jelzin zum Nachfolger von Michail Gorbatschow und ersten demokratisch gewählten Präsidenten Russlands. Die Auflösung der früheren Supermacht gestaltete er weitgehend ohne Blutvergießen. Nach seiner Wiederwahl 1996 beendete Jelzin seine zweite Amtszeit am 31. Dezember 1999. Bei der Präsentation seines Wunschnachfolgers Wladimir Putin entschuldigte er sich für von ihm im Amt begangenen Fehler. In Jelzins Amtszeit fielen der erste Tschetschenien-Krieg von 1994 bis 1996 mit Zehntausenden Toten und hektische Privatisierung der Wirtschaft mit der Verarmung breiter Volksmassen.

Putin telefonierte nach Angaben seines Sprechers mit Jelzins Witwe und äußerte sein Beileid. Gorbatschow erklärte, Jelzin habe viel Gutes für das Land getan, auf seinen Schultern lasteten aber auch ernsthafte Fehler. Die US-Regierung nannte Jelzin eine „historische Figur in einer Zeit des großen Wandels und großer Herausforderungen für Russland“.

Bundeskanzlerin Angela Merkel sowie ihre Vorgänger Gerhard Schröder und Helmut Kohl würdigten Jelzins Rolle bei der Aussöhnung zwischen Russen und Deutschen. „Boris Jelzin war eine große Persönlichkeit der russischen und internationalen Politik, ein mutiger Kämpfer für Demokratie und Freiheit und ein wahrer Freund Deutschlands“, schrieb Merkel in einem Beileidstelegramm an Putin. „Mit Boris Jelzin haben wir einen großen Freund unseres Landes verloren, in dessen Amtszeit die politische und ökonomische Zusammenarbeit mit Deutschland vertieft wurde“, erklärte Schröder.

Mit Boris Jelzin sei „ein großer Staatsmann und mein persönlicher Freund von uns gegangen“, erklärte Kohl. Jelzins Verdienste für die deutsch-russischen Beziehungen und den Weltfrieden seien nicht hoch genug einzuschätzen. In Jelzins Amtszeit fiel der Abzug der russischen Truppen aus Deutschland.

Der Präsident der Europäischen Kommission, José Manuel Barroso, nannte Jelzin eine Schlüsselfigur in der postkommunistischen Ära Russlands. Jelzin habe Ost und West einander näher gebracht.