Die Superhelden kommen aus der Kanalisation – als Ergebnis eines genetischen Laborversuchs. Als putzige Wasserschildkröten haben sie sich vor vielen Jahren in den Gully gerettet. Nun sind sie zu einer Gruppe von Riesenreptilien herangewachsen, die sich im Untergrund mit der Kunst des Ninja-Kampfes vertraut gemacht haben, um New York City aus dem Griff einer terroristischen Mafiabande zu befreien.