Wir schreiben das Jahr 2006: Zwei Jahrzehnte nach dem Super-GAU von Tschernobyl kommt es erneut zur Katastrophe im ehemaligen Kernkraftwerk: Eine Explosion hat das noch verbliebene Leben in der atomaren Sperrzone ausgelöscht oder es mutieren lassen. Was der Auslöser des Ganzen war, bleibt in „Stalker 2: Heart of Chornobyl” ein Geheimnis. Die Folgen sind jedoch unverkennbar, denn die Strahlung hat ihre Spuren hinterlassen.