Erstmals werden hier Juden nachweislich im Jahre 1580 erwähnt, als sich der Ortspfarrer, ein Pater aus dem Kloster Bronnbach bei Wertheim, über sie beschwerte, weil sie ihm den kleinen Zehnten verweigerten.
Verantwortlich für die Ansiedlung dieser und weiterer Juden in der Folgezeit waren die Freiherren von Geyer zu Giebelstadt, die sie in ihren Schutz aufnahmen und für die Erlaubnis, in Allersheim zu wohnen und dort Handel zu treiben, ein jährliches Schutzgeld und weitere Gebühren verlangten.
Ab 1665 stand den Juden von Allersheim und ihren Glaubensgenossen aus der Umgebung als Beerdigungsplatz ein „wüst liegender Acker im Hettinger Rain“ mit einer Fläche von „sieben Viertel morgen“ zur Verfügung. Das Kloster Bronnbach, das in Dorf und Flur umfangreichen Besitz hatte, überließ ihnen den Acker für die Summe von 20 Reichstalern. Außerdem mussten die Juden dem Verwalter des Bronnbacher Hofes in Würzburg ein „recognitions gelt“ (Bestätigungsgebühr) zahlen. Hinzu kam für jeden Toten eine individuelle Beerdigungsgebühr.
Der neu angelegte jüdische Bezirksfriedhof erwies sich jedoch aufgrund zahlreicher Beerdigungen in der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts schon bald als zu klein. Auf Bitten der Juden veräußerte das Kloster Bronnbach im Jahre 1704 ein angrenzendes Feldstück von 96 Ruthen Fläche zur Erweiterung der Begräbnisstätte. Der Kaufpreis betrug 60 Gulden. Ab dem darauffolgenden Jahr 1705 mussten die Juden dem Verwalter des Bronnbacher Hofes in Würzburg sowohl für den älteren als für den neuen Friedhofsteil ein „recognitions gelt“ von 1 Gulden 12 Turnos 6 Pfennig zahlen.
Das Kloster Bronnbach hatte zu dieser Zeit, wie andere geistliche Institutionen auch, die finanzielle Attraktivität des Judenschutzes erkannt und suchte sich diese Geldquelle nutzbar zu machen. So erhielt mit Schutzbrief vom 20. Februar 1696 der Jude Joseph die Erlaubnis, sich im Freihof des Klosters in Allersheim häuslich niederzulassen. Allerdings blieb diese Maßnahme nur eine Episode, denn ab dem 18. Jahrhundert war die Schutzaufnahme von Juden im Ort wieder das alleinige Privileg der Dorfherrschaft, das ab 1708 in der Nachfolge der Geyer die Freiherren von Wolffskeel in Rottenbauer und ihre Erben innehatten.
1715 existierte nachweislich in Allersheim bereits eine „Judenschuhl“, wie die Synagoge im Volksmund hieß. In welchem Zusammenhang jenes Kultusgebäude mit demjenigen steht, das 1911 an Wilhelm Eubel verkauft wurde und jetzt zum Abbau ansteht, ist nicht bekannt.
Bis zum Übergang von Allersheim an das Königreich Bayern, der erst 1817 vonstatten ging, hatten die Juden in rechtlicher Hinsicht unter erheblichen Einschränkungen zu leiden, die ihre Lebensumstände stark belasteten. Diese Beschränkungen wurden nach 1817 erst zögerlich und ab den 1860er Jahren ganz aufgehoben, sodass die Juden sich gegen Ende des 19. Jahrhunderts endgültig als vollwertige Mitglieder der bürgerlichen Gesellschaft fühlen konnten.
Die vollständige Gewerbe- und Niederlassungsfreiheit führte allerdings dazu, dass auch in Allersheim durch Abwanderung die Zahl der Juden stark abnahm. 1880 wohnten nur noch acht jüdische Einwohner im Dorf und 1910 sank ihre Zahl auf drei Personen. 1921 zog die Familie Baumann aus Mosbach hierher, weil Heinrich Baumann das Amt des Wärters des Judenfriedhofs übernommen hatte.
Mit der Deportation von Heinrich und Jenny Baumann am 23. April 1942 in die Vernichtungslager im Osten endete schließlich die fast 370 Jahre andauernde Anwesenheit von Juden in Allersheim.
Heute erinnern als stumme Zeugen nur noch das ehemalige Synagogengebäude, der Judenfriedhof und – mit Einschränkungen – auch der ehemalige Bronnbacher Hof an die lange jüdische Geschichte des Ortes.
