Das neue, finanziell hervorragend ausgestattete Spital sollte nicht nur karitative Zwecke erfüllen, sondern war - wie die jüngere Schwesterstiftung der katholischen Juliusuniversität - ganz bewusst auch als Instrument der Gegenreformation im protestantischen Franken konzipiert. Als Asyl für Arme, Kranke, Pilger, Waisenkinder und später auch als Armenkrankenhaus genoss die Einrichtung einen ausgezeichneten Ruf. Schon bald rankten sich auch fromme Legenden um den Bischof Julius Echter und seine Stiftung.

In mehreren abweichenden Versionen überliefert ist die Geschichte vom "Patengeschenk": Ein habgieriger Edelmann, so wird berichtet, habe sich den mächtigen Fürstbischof als Paten für sein neugeborenes Söhnlein ausersehen. Er erhoffte sich nämlich vom Landesherrn ein fürstliche Gabe für sein Kind. Der Bischof durchschaute diese Absicht, ließ dem Vater aber ungesäumt ein kostbares Kästchen aus Elfenbein als Geschenk überbringen.

Der Landadlige, der voll Ungeduld auf die bischöfliche Antwort wartete, erkannte den Boten schon von weitem an den bischöflichen Farben und eilte ihm entgegen. Ohne ein Wort des Grußes nahm er das Kästchen in Empfang und öffnete es: Im Innern lag ein Bündel reifer, goldgelber Trauben. Enttäuscht warf er das bischöfliche Geschenk dem Boten vor die Füße und ritt zornentbrannt zu seiner Burg zurück. Der Bote kehrte daraufhin mit dem Elfenbeinkästen nach Würzburg zurück und erstattete dem Fürstbischof Bericht. Der aber lächelte, hob die Trauben heraus und öffnete ein Fach im Boden des Kästchens: Das dort verborgene Testament hätte das Patenkind zum Erben von Schloss Mespelbrunn gemacht.

So aber verstand der Fürstbischof die Verschmähung seines Patengeschenkes als göttlichen Wink, sein Vermögen anderen Zwecken zuzuführen: Er stiftete davon das Spital und die Universität.

Dass diese beiden Stiftungen ihrem Gründer wirklich am Herzen lagen - noch heute ruht das Herz Julius Echters in einer herzförmigen Metalldose in der Neubaukirche der Universität - belegt folgende Erzählung: Als der Regent im Mai 1594 zum Reichstag nach Regensburg abreiste, empfahl er sie dem Schutz der Dekane der vier Fakultäten und der Obsorge des Domkapitels: Die Hochschule sei gleichsam seine einzige Tochter und das Spital sein einziger Sohn. Bei seinem Tod mögen die Dekane und das Domkapitel all ihr Ansehen, ihre Liebe zur Kirche, zum Hochstift und zu den Wissenschaften aufbieten, um den guten Fortbestand seiner "Kinder" zu sichern.

Mancher Zerreißprobe ausgesetzt

Das geschwisterliche Verhältnis von "Sohn und Tochter", bzw. "älterer und jüngerer Schwester" war im Laufe der Geschichte freilich mancher Zerreißprobe ausgesetzt: Gerade im 19. und frühen 20. Jahrhundert musste die ältere Schwester, das Spital, viele kostspielige Neuerungen der ständig sich fortentwickelnden Universität mittragen.

Im Stiftungsbrief hatte Julius Echter jedem, der das Spitalsvermögen durch Nachlässigkeit oder in böser Absicht mindern würde, Strafe in dieser und der kommenden Welt angedroht. Diese Warnung scheint dem Bischof aber nicht genug gewesen zu sein: Der Sage nach kommt er in jedem Jahr in der heiligen Nacht in sein Spital, um dort nach dem Rechten zu sehen. Als einst die Verwalter eine üble Wirtschaft führten, fanden sie am Weihnachtstag zu ihren Erstaunen eine schriftliche Verfügung Julius Echters vor. Um der Sache auf den Grund zu gehen, ließen sie im Jahr darauf die zwölf ältesten Männer des Spitals in der Hofstube wachen: Und siehe da, die verschlossenen Türflügel öffneten sich, der Bischof trat herein, setzte sich an den Tisch und schrieb seine Weisung nieder. Dann verschwand er wieder. Als dies den Spitalverwaltern berichtet wurde, sollen sie sich bemüht haben, ihre Fehler wieder gut zu machen.