Am 31. Oktober 1517 veröffentlichte Martin Luther 95 Thesen gegen Missbräuche und Ablass in der katholischen Kirche. Der Thesenanschlag gilt als Auftakt zur Reformation. Dies hatte mit der Herrschaft der Freiherren von Thüngen auch direkte Auswirkungen auf die Marktgemeinde Thüngen und auf weite Teile des nördlichen Unterfrankens. Denn in der „Thüngenschen Cent“, einem reichsunmittelbaren Hoheitsgebiet, regierte das fränkische Adelshaus mit seinen vier Linien.
Neben den Schlössern in Thüngen gehörten dazu auch die Stammburgen in Reußenberg, Sodenberg, Burgsinn, Zeitlofs und Büchold. Insgesamt führten die Familien von Thüngen bis zu 19 Pfarreien mit etwa 40 Filialorten. Und meist hatten die Untertanen die Religion anzunehmen, an die auch der Fürst glaubte. Seit 1988 beschäftigt sich Baron Hanskarl von Thüngen mit diesem Thema. 499 Jahre nach dem Thesenanschlag Luthers referierte der Freiherr zu diesem Thema im „Thüngener Frauentreff“.
„Der Religionswechsel geschah in der Thüngenschen Cent nicht an einem Tag, sondern es waren viele kleine Schritte“, erklärte er. „Die Lehre der Kirche war verdunkelt und weltliche Themen beschäftigten die Kleriker.“ Die Bereitschaft, die Reformation einzuführen, wurde so in der Familie von Thüngen immer größer. Jedoch erst, als mit Konrad II. von Thüngen (1466 – 1540), der Fürstbischof und Herzog zu Franken, einer der größten Hüter des katholischen Glaubens in Franken, verstorben war.
Schon vor dem Augsburger Religionsfrieden (1555) waren Neidhard II., Philip II., und Weiprecht II. die größten Reformatoren in der Familie von Thüngen. Otto Wilhelm, Bernhard III. und Philip III. wirkten danach. Sie waren mit der Seelsorge, mit der Ausstattung der Pfarrer, dem Ablasshandel, mit dem Zustand der Kirchen und Klöster sowie die „Leben im Rom, was man so hörte“, nicht einverstanden.
Adam II. von Thüngen, der als Alleinbesitzer von Büchold galt, soll schon vor 1531 den katholischen Pfarrer von Büchold nach Arnstein vertrieben haben und einen „lutterischen Priester aus Billingshausen uff die Pfarhe gesetzt haben“. Ab der Herrschaft von Hans Jörg von Thüngen (1541) wurde Büchold endgültig reformiert. 1596 endete die Herrschaft Thüngens in Büchold mit dem erzwungenen Verkauf an Dietrich Echter von Mespelbrunn, dem Bruder des Fürstbischofs Julius Echter. Damit war die evangelische Konfession in Büchold verloren.
Otto Wilhelm und Bernhard III. von Thüngen hielten in Gräfendorf eine Versammlung der Thüngenschen Pfarrer ab. Eine Gottesdienstordnung, die sich an Luthers Linie orientierte, wurde hier aufgestellt und im Wesentlichen bis heute beibehalten. Damit wird der evangelische Glauben in der Herrschaft Thüngen festgelegt. Besonders mit Beginn des Dreißigjährigen Krieges (1618) setzten Gegenreformationen gegen die 18 Pfarreien ein. 1631 schickte der Würzburger Bischof Ehrenberg 300 Soldaten zur „Zwangskatholisierung“ nach Thüngen.
Die Witwe Johanna Rosina von Thüngen wird hier zur Heldin: Ohne Waffen stellt sie sich gegen die Soldaten, gegen Katholiken aus Retzstadt und Karlstadt sowie den Stettener Pfarrer und sorgt damit für den Erhalt der evangelischen Konfession in Thüngen.
„Als Besitzer des Burgsinner Schlosses übe ich bis zum heutigen Tag das Patronat über die mittlerweile katholische Kirchengemeinde Burgsinn aus“, berichtete Hanskarl von Thüngen schmunzelnd. Dass sich die Rechten und Pflichten inzwischen sehr geändert haben, sieht er mit Freude – wie auch die lebendige Ökumene, die seit vielen Jahren in Thüngen und Umgebung gelebt wird.