Am 1. Oktober 1854 wurde der Bahnhof in Gemünden als Gemeinschaftsbahnhof der Preußischen Staatseisenbahnen und der Königlich Bayerischen Staatseisenbahnen in Betrieb genommen. Am 1. Mai 1912 erhielt der Bahnhof den Zusatz „am Main.“ Damit sollte eine Verwechslung mit dem hessischen Bahnhof Gemünden Wohra vermieden werden. 1871 bekam die Kurstadt Bad Kissingen den Eisenbahnanschluss von Ebenhausen. Damit war die Chance für die Erschließung des Saaletals so gut wie ausgeschlossen.