Werner Kraft gehörte jahrelang Gremien der IHK an, dabei für zwei Amtsperioden als Vorsitzender des Verkehrsausschusses. Er ist Mitglied des Universitätsbundes, der Fördergesellschaft der Fachhochschule, des Rotary Clubs, des Stadtmarketings „Würzburg macht Spaß“, des Theaterfördervereins „Rosenkavaliere“, der Deutschen Herzstiftung INTUS sowie zahlreicher weiterer gemeinnütziger Organisationen. In seiner Freizeit ruderte Werner Kraft im ARCW, dessen Ehrenmitglied er ist.
Viele Ehrungen
Für seinen Einsatz im Vorstand der Fördergesellschaft der Fachhochschule, insbesondere für die praxisnahe Ausbildung im Bauingenieurwesen, wurde er 1995 zum Ehrensenator der FH ernannt. Ausgezeichnet wurde er mit dem Verdienstkreuz am Bande des Verdienstordens der Bundesrepublik Deutschland und der Staatsmedaille für besondere Verdienste um die bayerische Wirtschaft. Dem Ehepaar wurde für ihr verdienstvolles Engagement für die Stadt zu ihrer Eisernen Hochzeit der „Tanzende Schäfer“ überreicht.